Phẫu thuật nội soi bắt đầu trên thế giới từ năm 1987. Năm 1992, những trường hợp đầu tiên phẫu thuật nội soi được thực hiện tại Việt Nam ở 2 trung tâm lớn Hà Nội và thành phố Hồ Chí Minh. Phẫu thuật nội soi đã nhanh chóng phát triển ở nhiều trung tâm, bệnh viện lớn cũng như các bệnh viện tuyến tỉnh, thành, ngành. Ngày 24/2/2006, tại Hà Nội Đại hội thành lập Hội phẫu thuật nội soi và nội soi Việt Nam được tổ chức; sự ra đời của Hội là một mốc lịch sử quan trọng trong việc phát triển chuyên ngành cũng như quan hệ quốc tế. Cụ thể là: việc đào tạo phẫu thuật nội soi cho các đồng nghiệp trong và ngoài nước được phát triển rộng với 3 trung tâm tại Hà Nội, thành phố Hồ Chí Minh và Huế. Năm 2008, tất cả các bệnh viện tuyến tỉnh và nhiều bệnh viện trung tâm huyện đã thực hiện các kỹ thuật nội soi cơ bản; nhiều trung tâm đã thực hiện được các kỹ thuật nội soi phức tạp như cắt gan, cắt khối tá tụy, cắt thực quản...đạt trình độ ngang tầm các trung tâm trên thế giới. Các thành viên của Hội Phẫu thuật nội soi Việt Nam đã tích cực tham gia vào hoạt động khoa học của Hội Phẫu thuật nội soi Châu Á - Thái Bình Dương, Hội phẫu thuật nội soi tiêu hóa Mỹ và Hội phẫu thuật nội soi thế giới. Năm 2009, tại Đại hội phẫu thuật nội soi Châu Á Thái Bình Dương, Phó Giáo sư Tiến sĩ Trần Bình Giang của Việt Nam đã được bầu là Phó Chủ tịch Hội.

Nhiệm kỳ II (2011-2015), Hội Phẫu thuật nội soi và nội soi Việt Nam tiếp tục phát triển nội soi theo hai hướng: phẫu thuật nội soi chuyên sâu tại một trung tâm lớn, phát triển các kỹ thuật mới như: phẫu thuật nội soi 1 lỗ, phẫu thuật nội soi qua lỗ tự nhiên, phẫu thuật nội soi với người máy và các kỹ thuật nội soi nâng cao; phát triển phẫu thuật nội soi cơ bản và dần nâng cao tại các địa phương phục vụ công tác điều trị, chăm sóc sức khỏe cho người dân. Đồng thời, tăng cường giao lưu hợp tác quốc tế trong lĩnh vự chuyên ngành; đẩy mạnh và chuẩn hóa công tác đào tạo; chuẩn bị xuất bản tạp chí chuyên ngành; tổ chức Hội nghị khoa học giữa nhiệm kỳ vào năm 2012...

Đại hội đã bầu Ban chấp hành khóa II gồm 23 thành viên; PSG.TS Trần Bình Giang, Bệnh viện Việt Đức được bầu làm Chủ tịch Hội./.